繁育無病毒蘋果苗木，應由從事該方面的研究工作的單位建立無病毒蘋果原種母樹保存圃，栽植、保存經檢測的確無病毒的自行脫病毒或引進的無病毒蘋果品種或砧木。能夠在良好的栽培、管理條件下，盡可能多的提供無病毒原種繁殖材料。再由育苗單位建立無病毒蘋果繁殖材料采穗圃，專門用原種母樹圃提供的無病毒品種或砧木繁殖，提供繁育生產苗接穗材料；由育苗單位建立無病毒蘋果苗木繁育圃，集中繁育無病毒蘋果生產用苗。目前，應用效果最好的是組織培養繁殖方法。這種繁殖方法有較高的繁殖效率，又能夠較好的保持繁殖材料不感染病毒。但這種繁殖需要投入較多的組織培養設備，還要掌握較難的組織培養技術。

   另一種繁殖方法是采用實生砧木嫁接方法。蘋果屬植物的種子都是不傳播病毒的，故而在蘋果的無病毒繁殖中實生砧木也是一種主要的砧木材料。采用實生砧木上嫁接無病毒的矮化砧木，成苗后再接上無病毒的蘋果品種繁育中間砧苗；或直接于實生砧上嫁接蘋果品種繁育喬化苗。用實生砧嫁接方法育苗，要求條件簡單，操作易于掌握，且易成苗，使苗木的成本較低。但這種育苗途徑感染病毒的機會較多，須注意避免染病。